Насчитывает 955 экземпляра. Основа коллекции – материал (крабы, около 400 экз.), собранный во время Тихоокеанской островной экспедиции Института океанологии Академии Наук СССР в 1971 г. В дальнейшем коллекция пополнилась сборами сотрудника отдела фондов музея А.Р. Алякринского (более 100 экз. крабов) из Малайзии, Тайланда, с Зондских, Молуккских (Индонезия) и Филиппинских островов, а также эпизодическими сборами других сотрудников музея.
Гордость коллекции – гигантский японский краб Macrocheira kaempheri, приобретенный основателем музея А.Ф. Котсомв 1919 году. Гигантский краб относится к семейству так называемых крабов-пауков (Majidae), одному из самых многочисленных семейств настоящих крабов. К этому семейству также относятся виды значительно меньших размеров, многие из которых имеются в коллекции музея. Некоторые из них известны своей способностью к маскировке. Они прикрепляют к верхней поверхности своего панциря различные водоросли, что делает их практически незаметными на морском дне.
Крабы семейства Dorippidae, широко представленные в коллекции Дарвиновского музея, маскируются другим способом. Они удерживают над собой пустые раковины двустворчатых моллюсков двумя парами ног, специально приспособленных для этих целей. А вот крабам-плавунцам, представителям семейства Portunidae, нет необходимости маскироваться. В случае опасности они пускают в ход свои острые клешни, поэтому немногие хищники отважатся на них нападать. Крабы-плавунцы, как можно судить по их названию, примечательны также своей способностью к плаванью. В коллекции музея хранится более 50 экземпляров этих животных.
У манящих крабов (род Uca) также есть большие клешни. Но только у самцов, и только по одной у каждого. Вторая клешня совсем маленькая, служит для захвата пищи. Питаются эти крабы илом. Роль большой клешни – подавать сигналы о том, что территория занята, или подманивать самку. Каждый вид манящих крабов обладает своим собственным «языком жестов». В музее хранится серия, насчитывающая более 40 экземпляров манящих крабов.
Определенную научную ценность представляют также 12 видов эндемичных рачков-бокоплавов озера Байкал.