Наша коллекция акустических сигналов животных «Фонотека» начала формироваться в 1997 году с приходом в музей И. Д. Никольского, который передал в музей своё собрание аудиозаписей голосов природы.
Значительную часть фонотеки составляют оригинальные записи голосов млекопитающих, записанных в природе сотрудниками кафедры Зоологии позвоночных МГУ. Ценность этой коллекции заключается в том, что каждый вид представлен большими сериями записей, позволяющими изучать как внутрипопуляционную, так и географическую изменчивость.
Сегодня в фонотеке на учете 394 единицы хранения.
Наибольший интерес в фонотеке представляет тиражированная аудиокассета «Неведомый свисток», выпущенная в 1996 году фирмой M-Classic Records, именно она стоит первой в книге записей предметов коллекции. Кассета представляет собой сборник рассказов и сказок для детей о природе, проиллюстрированных оригинальными записями голосов птиц и зверей. Читает их сам автор – Игорь Дмитриевич Никольский, создатель и первый куратор фонотеки музея.